Analisi di reti di interazione genica per l’identificazione di geni implicati nelle sindromi di Noonan e di LEOPARD
- 3 Anni 2009/2012
- 254.600€ Totale Fondi
La syndrome di Noonan è una malattia genetica relativamente comune che interessa approssimativamente un bambino ogni cento nati in tutto il mondo. Le caratteristiche cliniche più comuni comprendono malformazioni congenite del cuore, bassa statura e problemi di apprendimento. Il difetto genetico principale che è stato dimostrato essere responsabile per più del 50% dei casi è stato identificato nel gene PTPN11 che codifica per una proteina (SHP2) la cui funzione è quella di rimuovere gruppi fosfati dale proteine. Perché un tale difetto causi problemi di sviluppo così severi non è ancora chiarito perché non conosciamo i dettagli dei processi molecolari che amplificano questo difetto. Nel nostro progetto proponiamo di usare una strategia che prevede l'integrazione dei dati sperimentali con un'analisi bioinformatica al fine di produrre una lista di geni la cui funzione possa influenzare l'espressione di PTPN11, il gene malattia. Il successo della nostra strategia potrebbe aprire nuove strade terapeutiche offrendo ai farmacologi nuovi bersagli la cui inibizione o stimolazione potrebbe controllare la malattia.
Pubblicazioni Scientifiche
- 2012 Molecular Systems Biology
Mapping the human phosphatome on growth pathways
- 2013 FEBS Journal
HuPho: the human phosphatase portal
- 2010 IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
An Overview of BioCreative II.5
- 2012 Nucleic acids research
MINT, the molecular interaction database: 2012 update
- 2013 NATURE METHODS
mentha: a resource for browsing integrated protein-interaction networks
- 2012 JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY
Counteracting Effects Operating on Src Homology 2 Domain-containing Protein-tyrosine Phosphatase 2 (SHP2) Function Drive Selection of the Recurrent Y62D and Y63C Substitutions in Noonan Syndrome
- 2015 JOURNAL OF BIOCHEMISTRY
The adapter protein CD2AP binds to p53 protein in the cytoplasm and can discriminate its polymorphic variants P72R
- 2010 NATURE BIOTECHNOLOGY
The FEBS Letters/BioCreative II.5 experiment: making biological information accessible
- 2011 JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY
Identification of New Substrates of the Protein-tyrosine Phosphatase PTP1B by Bayesian Integration of Proteome Evidence
- 2013 TRENDS IN BIOCHEMICAL SCIENCES
Exploring the diversity of SPRY/B30.2-mediated interactions
- 2014 Nucleic acids research
The MIntAct project-IntAct as a common curation platform for 11 molecular interaction databases
- 2012 FEBS LETTERS
The human phosphatase interactome: An intricate family portrait
- 2012 MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY
Reactive Oxygen Species and Epidermal Growth Factor Are Antagonistic Cues Controlling SHP-2 Dimerization
- 2011 BMC BIOINFORMATICS
Benchmarking of the 2010 BioCreative Challenge III text-mining competition by the BioGRID and MINT interaction databases
- 2011 BMC BIOINFORMATICS
The Protein-Protein Interaction tasks of BioCreative III: classification/ranking of articles and linking bio-ontology concepts to full text