Estrazione dati per l’analisi dei microarrays a DNA
- 3 Anni 2004/2007
- 125.000€ Totale Fondi
Le due applicazioni della nuova tecnologia dei microarrays a DNA, profili d'espressione ed array CGH, permettono la generazione di enormi quantita' di dati genetici relativi a malattie ereditarie umane. L'effettiva e completa comprensione di tali moli di dati richiede l'impiego di calcolatori elettronici e programmi adatti per estrarre i dati ed interpretarne il significato. Inoltre e' particolarmente impegnativa anche la gestione dei dati . A tal fine sono necessarie banche dati specializzate, che consentano anche il trasferimento dei dati in formati standard da e verso programmi di analisi. Inoltre nonostante molti pacchetti applicativi di analisi siano stati messi a punto recentemente, vi sono ancora ampi spazi inesplorati. Il nostro servizio fornisce ai ricercatori che compiono esperimenti di DNA microarrays tutto il supporto necessario per giungere ad un pieno utilizzo delle informazioni contenute negli esperimenti. Inoltre il ricercatore puo' utilizzare ilservizio anche per il mantenimento dei dati su supporto digitale e per la pubblicazione via WWW. Infine, abbiamo messo a punto un software proprietario che permette ai ricercatori di mettere in relazione i risultati dei microarrays alle funzioni della cellula coinvolte nelle malattie ereditarie, con le relative valutazioni statistiche. E un altro pacchetto applicativo consente al ricercatore di capire dove sulla mappa del genoma umano siano localizzate le funzioni effettivamente alterate. In tal modo viene accelerata la fase di scoperta di nuovi geni responsabili per malattie ereditarie umane.
Pubblicazioni Scientifiche
- 2005 HEAD AND NECK-JOURNAL FOR THE SCIENCES AND SPECIALTIES OF THE HEAD AND NECK
Akt, protein kinase C, and mitogen-activated protein kinase phosphorylation status in head and neck squamous cell carcinoma
- 2006 THEORETICAL MEDICINE AND BIOETHICS
"More on respect for embryos and potentiality: Does respect for embryos entail respect for in vitro embryos?"
- 2004 Blood
Spectrum of hemojuvelin gene mutations in 1q-linked juvenile hemochromatosis
- 2006 Nucleic acids research
TOM: a web-based integrated approach for identification of candidate disease genes
- 2010 PLOS ONE
Selected MicroRNAs Define Cell Fate Determination of Murine Central Memory CD8 T Cells
- 2006 BMC BIOINFORMATICS
Finding biological process modifications in cancer tissues by mining gene expression correlations
- 2003 JOURNAL OF DENTAL RESEARCH
Genetic expression profiling of six odontogenic tumors
- 2008 CANCER CELL
E2F1-regulated microRNAs impair TGF beta-dependent cell-cycle arrest and apoptosis in gastric cancer
- 2006 DNA AND CELL BIOLOGY
Microarray and large-scale in silico-based identification of genes functionally related to Haptoglobin and/or Hemopexin
- 2007 BIOINFORMATICS
FunCo: identification of key functional differences in transcriptomes
- 2002 MOLECULAR CANCER THERAPEUTICS
Identification of differentially expressed genes in human salivary gland tumors by DNA microarrays
- 2006 ONCOGENE
Fhit modulation of the Akt-survivin pathway in lung cancer cells: Fhit-tyrosine 114 (Y114) is essential
- 2007 BMC BIOTECHNOLOGY
Compatible solutes from hyperthermophiles improve the quality of DNA microarrays
- 2008 BIOINFORMATICS
TOM: enhancement and extension of a tool suite for in silico approaches to multigenic hereditary disorders
- 2006 PRENATAL DIAGNOSIS
Evidence of genetic underexpression in chorionic villi samples of euploid fetuses with increased nuchal translucency at 10-11 weeks' gestation
- 2010 CANCER CELL
Downregulation of p53-inducible microRNAs 192, 194, and 215 Impairs the p53/MDM2 Autoregulatory Loop in Multiple Myeloma Development
- 2006 PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AME
A microRNA expression signature of human solid tumors defines cancer gene targets