Ricerca di geni di suscettibilità al Lupus Eritematoso Sistemico: uno studio sistematico nella regione candidata 1q23-44

Il Lupus Eritematoso Sistemico (LES) e' una malattia autoimmune alla cui suscettibilita' contribuiscono fattori genetici e ambientali. Diversi studi di linkage hanno suggerito che nella regione 1q23-44 mappano uno o piu' geni di suscettibilita' al LES. Finora, sono stati condotti studi di associazione su alcuni dei geni candidati che mappano in questa regione (es. Recettori del frammento Fc delle Immunoglobuline, Interleuchina 10), ma i risultati non sono stati conclusivi. In questo progetto condurremo uno studio di associazione sistematico con marcatori che mappano in tutta la regione 1q23-44. Saranno analizzati solo polimorfismi biallelici di tipo SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) in sequenze espresse a funzione nota o ignota. Dai dati della letteratura sono disponibili 550 marcatori in 318 sequenze espresse nei 120 cM di questa regione. Analizzeremo inizialmente un marcatore per sequenza espressa corrispondente ad una distanza media di un SNP ogni 400 kb. Per ridurre il numero di analisi saranno analizzati pool di pazienti e di controlli invece che i singoli campioni. Per ogni SNP verra' quindi eseguita solo un' unica analisi per i pazienti e una per i controlli. La frequenza dei due alleli di ciascun SNP nei pool sara' determinata combinando la capacita' di discriminazione allelica della tecnica "primer extension" con l'analisi quantitativa della tecnica DHPLC. Solo i marcatori che mostreranno una differenza significativa e riproducibile tra il pool dei pazienti e dei controlli saranno analizzati con i singoli campioni con uno studio di associazione caso-controllo classico. I campioni di DNA di 200 pazienti e di 600 controlli sono gia' disponibili e durante lo svolgimento del progetto saranno reclutati altri pazienti dai centri clinici che collaborano al progetto. Un'analisi ad alta risoluzione sara' condotta se qualcuno dei marcatori analizzati mostrera' un' associazione significativa.